胃蛋白酶原是胃蛋白酶的前體物質，包括胃蛋白酶原1和胃蛋白酶原2，分別由胃內不同分泌細胞分泌，且具有不同意義。不能單純以胃蛋白酶原指標評判臨床意義，需兩者與其它指標結合由專業醫生做出正確判斷，通常以胃蛋白1≤75μg/L，胃蛋白1與胃蛋白酶2比值≤3.0作為診斷萎縮性胃炎的臨界值。 國內胃癌篩查一般采用胃蛋白酶1≤70μg/L，胃蛋白酶1與胃蛋酶2比值＜7.0作為檢測標準。將胃癌患病風險分為4級，A級為胃蛋白酶原陰性正常，幽門螺桿菌陰性患者無需進行內鏡檢查；B級是胃蛋白酶原陰性，但幽門螺桿菌陽性，這類病人需每3年進行1次內鏡檢查；C級是胃蛋白酶原檢測陽性，幽門螺桿菌陽性，這類病人至少2年進行1次胃鏡檢查；D級是胃蛋白酶原檢查異常，但幽門螺桿菌陰性，這類病人需每年進行1次內鏡檢查，臨床上通常將胃蛋白酶原的檢測值與胃泌素17、年齡、性別以及幽門螺桿菌感染情況等，共同作為萎縮性胃炎、胃癌的風險評估。