胃蛋白酶原是胃蛋白酶的前體，分泌基于胃腔的胃蛋白酶原，在胃液的酸性環境中轉化為有活性的胃蛋白酶，發揮其消化蛋白質的作用。胃蛋白酶原可根據生化和免疫活性特征分為胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ。胃蛋白酶原Ⅰ是檢測胃泌酸腺細胞功能的指標，胃酸分泌增多，胃蛋白酶原Ⅰ升高，分泌減少或胃黏膜腺體萎縮，胃蛋白酶原Ⅰ降低。胃蛋白酶原Ⅱ與胃底黏膜病變的相關性較大，相對于胃竇黏膜，其升高與胃底腺管萎縮，胃上皮化生或假幽門腺化生、異型增殖有關。胃蛋白酶原Ⅰ比胃蛋白酶原Ⅱ比值進行性降低，與胃黏膜萎縮進展相關。