復雜性肛瘺目前臨床仍以手術為主要治療手段，中藥熏洗等中醫中藥特色治療方法主要在于減輕術后疼痛，減少創面滲出，促進創面修復，縮短愈合時間。雖然這類方法并不能直接治愈疾病，但它能更好的提高患者整個就診體驗，減少患者對手術治療以及后期換藥過程中的恐懼和緊張。對于身體狀況不佳，不能耐受手術的患者，通過中藥熏洗等保守治療，同時也能起到很好的緩解癥狀、控制疾病發展的作用。臨床也通常會碰到一些患者不愿意接受手術治療，這種情況下可以通過中藥熏洗來緩解癥狀。僅通過這樣一項保守治療是不可能完全治愈肛瘺的，一旦診斷明確建議盡早手術治療。