復雜性肛瘺可能有幾個支管，兩個以上的外口或者內口。在診斷方面最常見的方法，簡單的可以做瘺管造影，通過打造影劑拍X光片，看到分支分布的情況，可以確定肛瘺的部位。有條件的三級醫院，用的更多的是磁共振。磁共振對肛門周圍的軟組織的影像判斷、走向的層次，看得更加準確，但費用比CT檢查費相對高。如果醫院沒有磁共振，甚至連CT都沒有，簡單的打造影劑做造影，有時候瘺管不是全部順暢的，有些瘺管堵住，打了造影劑也不能100%的顯示真實的情況。需要專科醫生用手指檢查，專科醫生的手指號稱金手指，可以大概確定肛瘺的走向。此外，專科醫生常用探針，可以從肛門外口進去，探查肛瘺瘺管走向、位置、高低，都非常明確。