一般主張在飯后的兩小時后進行艾灸，因為飯后血液集中在胃腸部，以進行消化吸收，飯后立刻艾灸易引起血液循環加快，以及血液再分布，這時胃腸部血液的集中作用減弱，造成消化功能下降，長時間如此，對胃腸功能有一定影響。此外需注意艾灸的強度和部位，如艾灸強度很大，對人體影響則更明顯。如艾灸火量很小，艾灸部位在肢體遠端，如腳腕，一般也沒有問題。