吃酵素酶的最佳時間，是在吃完飯之后的0.5小時之內，能發揮出較好的作用。因為酵素酶本質上是調節機體代謝的化學物質，如果物質過早進入體內，有可能會因為空腹狀態下胃酸含量比較高，消化液含量比較高，對酵素酶產生明顯殺滅、滅活作用，起不到很好的調節代謝功效。在吃了一定量的食物之后，中和胃酸再吃酵素酶，能避免因為過多胃酸或者消化液，把酵素酶進行明顯殺滅和滅活。酵素酶進入體內更主要的是進行代謝調節，尤其是吃完食物之后，身體內代謝比較旺盛，此時再吃酵素酶就會因為有充足食物，發生明顯代謝變化增加酵素酶，而正好起到代謝調節作用。