急性胃腸炎的患者需入院檢查有無幽門螺桿菌的感染。若其感染指標較高，可使用兩種抗生素，配合奧美拉唑或奧硝唑進行治療。其中，抗生素的選擇可為克拉霉素或阿莫西林。患者還可采取兩聯抗生素進行治療，如克拉霉素配合左氧氟沙星。而急性腸炎的患者，需培養大便，若存在大腸桿菌感染，可使用相應的廣譜抗生素；若為痢疾桿菌感染，則需使用左氧氟沙星、頭孢類藥物。