急性胃腸炎一般沒有什么后遺癥，如果實在說有后遺癥，有可能會轉變成慢性胃炎、慢性腸炎，以及腸道的功能紊亂、腸道菌群的紊亂。一般而言，如果系統治療急性胃腸炎，包括飲食注意、規范的治療，以及有專業醫生的指導，一般不會有什么后遺癥。但是如果一旦發了比較嚴重的急性胃腸炎，可能會導致胃潰瘍、腸道的功能紊亂持續一段時間，甚至出現腸道的菌群紊亂、誘發腸激惹，甚至會出現營養不良。所以出現急性胃腸炎時，也不能掉以輕心，如果始終不緩解，可能需要到相應的醫療機構專科，如消化內科進行就診進行檢查，明確有沒有潛在的其他系統疾病，表現為急性胃腸炎。如果是病毒型感冒表現為急性胃腸炎，患者更不會有后遺癥。后遺癥的說法，多數都是因為，如沒有規范治療、沒有規范的飲食注意，導致的遷延不愈。