益生菌進食過多，可能出現乳糖不耐受的臨床表現，如腹痛、腹脹、腹瀉等。 益生菌是保證腸道健康的有益細菌，含量相對不足時，臨床上可以進行補充，但在本身益生菌正常的情況下再攝入，可能會抑制自身的益生菌生殖能力，導致腸功能紊亂。因此益生菌通常建議在醫生指導下服用，連續服用時間理論上不建議超過2個月，不同情況補充的益生菌菌株也不一樣。 目前臨床上常用的益生菌有雙歧桿菌、枯草桿菌、布拉氏菌、酪酸梭菌等，不同的菌株在臨床上適應證略有不同。腹瀉的病人建議用布拉氏菌、枯草桿菌，臨床上會起到較好的效果，益生菌建議在餐后半小時溫水下服用。