卵巢巧克力囊腫比較嚴重，因為卵巢巧克力囊腫在臨床上具有復發性，并且若囊腫存在時間較長，還可能導致盆腔組織黏連；也可能影響到泌尿系統，比如造成輸尿管本身彎曲引起尿潴留，或引起腎臟積水。卵巢巧克力囊腫要及時給予治療。若直徑＞4公分，通常建議手術切除治療。盡管切除了卵巢巧克力囊腫，也要進行后續用藥治療，比如注射鹽酸曲普瑞林，可減少其復發可能性。此外，術后飲食上盡量不要吃含有雌性激素的食物，比如洋蔥、蜂蜜、蜂王漿、雪蛤等。因為上述食物當中分別含有動物性雌性激素或植物性雌性激素，也可能對巧克力囊腫的復發起到輔助性的作用。