卵巢巧克力囊腫可以保守治療，但需要具備一定的條件，具體如下：1、囊腫的直徑不超過4厘米：若囊腫的直徑不超過4厘米可考慮保守治療。保守治療即使用非手術的方法治療，此時可口服地諾孕素片，也可用中醫、中藥的治療方法，但要定期復查；2、囊腫明顯縮小：在臨床上若囊腫明顯縮小，并且接近于更年期的情況或接近于絕經的情況，此時也可給予保守治療，建議病人動態觀察。若囊腫相對較大而且病人希望懷孕，或有囊腫蒂扭轉、破裂的可能性。此時要盡快考慮急性手術治療。此外，在手術治療后還需繼續用藥，主要是用抑制子宮內膜生長、預防巧克力囊腫復發的藥物，且在治療后仍要定期到醫院檢查。