胃蛋白酶原是由胃部分泌胃蛋白酶的前提，可分為胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ兩個亞型。 目前胃蛋白酶原已成為淺表性胃炎、糜爛性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、萎縮性胃炎以及胃癌等胃部疾病的初篩和治療監測的重要指標之一。其中，胃蛋白酶原Ⅰ是檢測胃酸分泌功能的一個重要指標，在胃酸分泌增多的時候，胃蛋白酶原Ⅰ就會上升； 胃酸分泌減少或者胃黏膜性萎縮的時候，胃蛋白酶原Ⅰ就會降低。而胃蛋白酶原Ⅱ與胃底黏膜病變有明確的相關性，其升高與胃底腺管萎縮、胃上皮化生、異型增生等有關。 如果聯合檢測胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ的比值，它的臨床意義更大，如二者的比值進行性降低，則與胃黏膜的萎縮進展有關，因此可以作為胃癌高危人群篩查的一個重要指標。