檸檬蜂蜜水，不建議用于有酸相關性疾病的病人，即反流性食管炎、慢性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍。因為檸檬蜂蜜水，屬于酸性食物，攝入后會加重酸分泌增多。胃酸分泌增多，會加重反流性食管炎、慢性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍癥狀，如出現腹痛、反酸、噯氣等。另外，不建議用于有腹瀉的情況，如炎癥性腸病或非特異性腸炎等。因為檸檬蜂蜜水可以刺激胃腸蠕動，同時可以潤滑腸道，加重腹瀉癥狀。檸檬蜂蜜水，可以用于有便秘的情況。如果有大便干結或便秘，飲用檸檬蜂蜜水后，可以幫助緩解便秘，或預防便秘出現。此外，醉酒時可飲用檸檬蜂蜜水，檸檬含有豐富的維生素C，蜂蜜水含有多種酶，可以加速酒精代謝，起到加速作用，便會降低酒精對人體的傷害。