牙根尖囊腫需要根據其大小、范圍及致病因素決定是否能夠自愈，通常如果不通過相應的外界干預，其單純自愈的可能性極小。根尖囊腫要進行相應檢查并找到病因，根據病因進行準確判斷，如果其存在的時間較長，則很難自愈。如果由于牙髓炎或根因周炎引起，則自愈可能性幾乎為零，其根源、病原是由于外界炎癥刺激引起，炎癥因子沒有去除當然無法痊愈。因此患者通常根據牙片的結果，決定是否進行根管治療，并在根管治療時要將牙髓腔及根尖的炎癥徹底根治及清除，從而才能夠將根尖囊腫得以治愈。這種方案才是最佳治療，不要因為無法得到及時自愈，而引發更為嚴重的問題。