根尖囊腫顧名思義，是以病灶牙根尖為中心形成的囊性病變。根尖囊腫進展過程首先是根尖炎癥未得到有效控制，根尖炎癥形成根尖肉芽腫，主要成分是炎性細胞滲出、纖維細胞、成纖維細胞、血管成分，所以叫做肉芽腫。在此過程中，如果根尖區域出現上皮成分，由于某種誘導因素存在，使得上皮來源細胞出現增生，而逐漸形成細胞團，而細胞團中心會有液體滲出，逐漸形成由上皮包繞液體為內容的囊性病變，以上為根尖囊腫形成過程。也就是根尖囊腫是由于未經控制的根尖炎癥逐漸演變而成。