根尖囊腫不治療的后果是囊腫會長大，引起牙槽骨吸收，部分還會引起牙根吸收。如果長期不治療，牙根吸收嚴重，有可能最后需要拔除牙齒。囊腫導致牙槽骨吸收，將來如果要鑲牙、種牙就比較困難。雖然通常不會惡變，但還是強調早發現、早治療，減少牙槽骨吸收。另外要減少囊腫繼發感染的風險，如囊腫繼發感染，會引起半邊臉腫脹等。這時可能需要輸液、膿腫切開等，增加了治療難度，治療過程時間更長，費用也會更高。根尖囊腫通常是由于慢性根尖炎、牙髓壞死或牙外傷等，表現為根尖的低密度影。根尖囊腫通常不大，治療起來的手術也不太復雜。在根管治療后進行翻瓣手術，將囊腫刮除，通常不會復發，但也有復發幾率。