根尖囊腫不會自行消失。大部分根尖囊腫是因為齲齒引起牙髓炎，牙髓炎引起根尖周炎，急性根尖周炎轉變成慢性的根尖周炎，慢性根尖周炎其中一類是根尖肉芽腫，肉芽腫由于長期增生，使得中央區域發生液化壞死，逐漸形成囊腫，只有通過治療才會痊愈。早期根尖囊腫可以通過根管治療，反復消炎、引流得到治療，較大的根尖囊腫可以通過根尖手術將根尖切除一部分，進行根尖搔刮術，將根尖囊腫摘除。如果根尖囊腫進一步擴大，引起頜骨膨脹，甚至壓迫牙齒，引起牙齒疼痛，需要到口腔外科，在局麻下進行頜骨囊腫的摘除術。根尖囊腫通常無法自行發現，大部分根尖囊腫是通過拍攝X光片，發現根尖有陰影。如果出現牙齒疼痛、頜骨膨脹、面部不對稱，要到口腔外科進行拍攝X光片，以確定是否患有根尖囊腫。