小兒根尖囊腫無明顯疼痛癥狀，僅在小兒根尖囊腫發生前會有牙齒疼痛等牙髓炎癥狀，如冷熱刺激疼，有齲損變化。當發生根尖囊腫時，反而無明顯癥狀。多數小兒因牙齦腫脹、牙齦有紅腫，甚至流膿到醫院就診，這種情況多由齲損引起。 小兒根尖囊腫治療需做炎癥去除、根管治療，一般不進行刮除。因為小兒根尖囊腫病變下面是恒牙胚，如果進行刮除易損傷恒牙胚，所以存在恒牙情況下不進行根尖刮除。