牙根尖囊腫早期無疼痛癥狀或者臨床特征，病情較重時牙齒會因為牙髓壞死而發生顏色改變，會呈現灰黑色，而正常牙齒是呈乳白色、有光澤。通常是通過X光片發現牙齒根尖有陰影，并且周圍有阻射性白線，說明牙齒有根尖囊腫，屬于頜骨的囊腫。早期根尖囊腫可以通過根管治療，也可以通過手術進行切除。當根尖囊腫發展到頜骨囊腫時，局部會膨隆，觸摸會有乒乓球樣的感覺，要請口腔外科醫生進行根尖囊腫的手術摘除。牙根尖囊腫的形成原因一般是齲齒發展到牙髓炎，牙髓炎得不到徹底治療而引起根尖周炎，急性根尖周炎引起慢性的根尖周炎。當身體抵抗力增強時，根尖周組織進行修復，這種修復是炎性肉芽組織修復，即炎性肉芽腫，當炎性肉芽腫長到一定程度時，中央區域會發生壞死，周圍液體會滲入腔內，逐漸形成根尖囊腫。