巧克力囊腫存在一定癌變幾率。雖然大部分巧克力囊腫均屬于良性疾病，但目前發現大概有1%巧克力囊腫可能發生癌變，且因為巧克力囊腫大部分表現為卵巢包塊，大部分患者可能均依靠B超進行確診。巧克力囊腫患者腫瘤標志物C115也會呈現一定不同程度地升高，若通過非手術途徑，如B超、核磁共振、腫瘤標志物等進行確診均有一定難度，辨識性較差，還需通過手術獲取更準確結果，即通過微創手術將囊腫剝出再送病檢，從而確診囊腫屬于良性或惡性。部分患者可能不是惡變，而屬于介于良惡性之間、交界性的改變，這種診斷更困難，更需通過手術將病灶取下后，才能夠進一步判斷。所以巧克力囊腫，總體而言大部分是良性改變，但臨床上還是存在少數患者出現癌變的情況。