通常不建議進行百會穴的艾灸，只有在某些特定情況下，對百會穴進行艾灸。百會穴部位的頭發較茂密，如果用艾灸，有可能將皮膚、頭發燒掉，風險性較大。臨床上部分重癥病人，比如反復出現癲癇、昏迷，此時為了腦電的監測、病人的促醒，艾灸百會穴有醒神開竅的作用。由于頭發被剃掉，在艾灸百會穴時，就不會燒傷毛發。因此，對于腦炎、腦梗死、腦出血、癲癇等病人，已經處于昏迷的狀態。此時為了醒神開竅、促醒，根據脈象的表現，屬于虛象、寒象時，會選擇艾灸百會穴。