復雜性肛瘺手術后愈合時間較長，一般要一個多月到兩個月，因此手術后傷口護理非常重要。一般要求病人每天便后坐浴，沒有排便也要坐浴2-3次，每次坐浴5分鐘。坐浴要清洗傷口，把傷口表面分泌物清洗干凈，然后再上藥膏，再涂促傷口生長藥物。 此外，可用一些止疼藥，因為病人傷口創面比較大，往往比較疼痛。應定期口服止疼藥，定時到醫院就診。醫生根據肛門傷口愈合情況采取措施，若為假性愈合，應清除一些不平的肉芽組織，促進創面愈合。