治療胃腸炎最好的抗生素為最適合的抗生素，胃腸炎發作時常見使用以下幾種抗生素：一、消炎：1、喹諾酮類：左氧氟沙星、諾氟沙星；2、頭孢類；3、青霉素類。二、抗感染：1、甲硝唑、替硝唑類：主要治療厭氧菌感染；2、青霉烯類：若患者消化道感染的血象較高，同時患有明確的基礎疾病，患者處于感染性休克的階段，可先選擇這類藥效較強的抗生素；3、陽性球菌抗生素：抗陽性球菌感染。急性胃腸炎大部分情況下為革蘭氏陰性桿菌或者厭氧菌導致的感染，但是在沒有明確的病原學證據之前，臨床醫生會先采取經驗性用藥，經驗性用藥就是針對常見的致病菌選用相關藥物。在明確感染，采取經驗性用藥之前，需留取病原學相關的標本，比如可能需要留取胃腸道的大便標本或呼吸道的痰液標本，以此確定病原體，隨后再根據明確的病原體選擇適合的抗生素。