低聚果糖屬于益生元的范疇，雖然不能直接補充腸道內的正常細菌，但這種化學物質可促進正常腸道菌群的生長，從而達到調整腸道菌群的平衡、恢復正常腸道功能的作用。便秘的發生通常同時會伴有腸道菌群失調，因此在補充益生元制劑以后，正常的腸道菌群恢復。腸道內環境改善，患者的便秘癥狀可能獲得相應的緩解。主要由于正常的腸道菌群代謝后可能會產生包括丁酸在內的短鏈脂肪酸，而短鏈脂肪酸可以達到刺激腸蠕動以及促進排便的作用。如果出現了便秘癥狀，通常建議進行飲食和生活調整，比如多吃蔬菜、水果、粗糧等富含纖維素的食物。同時注意多飲水，常選用乳果糖或者聚乙二醇等增加大便水分含量的藥物進行通便對癥治療。但在通便過程中，也可以嘗試包括低聚果糖在內的益生元作為輔助治療方案。