巧克力囊腫與是否進食巧克力無關，巧克力囊腫是一種子宮內膜異位到卵巢上的疾病，又稱為卵巢子宮內膜異位囊腫。因為異位在卵巢上的子宮內膜，與在位的子宮內膜相同，均受到周期性激素水平影響，可以導致卵巢上的子宮內膜也形成周期性出血。如果周期性出血日積月累，可以呈陳舊的血色，即巧克力色，所以稱為巧克力囊腫，實際屬于外觀的描述。巧克力囊腫發生時可能較小，無明顯癥狀，此后可能逐漸增大至3-5cm，通常增大至4cm則需要手術治療。