運動后膝蓋酸痛有以下原因：一、生理性原因：如果患者較少運動，突然做膝蓋、膝關節運動，比如跑步、深蹲等，這時軟骨會無法承受，出現應激性反應，關節滑膜會出現應激性反應，出現輕度酸痛，此時建議減少運動，開始運動時要適度，逐步開始運動。二、病理性原因：1、劇烈運動：如果長期跑步、下蹲、負重等，導致局部軟骨下骨髓腫，或者軟骨下骨微骨折，疼痛可能持續幾個月，需要減少負重，甚至需要做局部治療；2、下蹲：尤其是負重深蹲時會出現髕骨關節壓力增大，如果同時存在髕骨軟骨退變或者髕骨半脫位，負重不均勻，容易導致運動后膝蓋酸痛。