復雜性肛瘺可以治愈，復雜性肛瘺有一定的治愈率，在全國治愈率為70%-80%，但不是絕對的。因為肛瘺的復雜性，接診醫生的專業水平、術中探查情況，以及瘺管的分布情況等因素的存在，術后存在一定的復發率。復雜性肛瘺、高位性肛瘺有復發的可能性。肛瘺復發最直接的原因還是手術的問題。手術中正確找到肛瘺的感染灶，即原發灶，徹底處理就能達到根治。其次，手術后恢復期換藥，患者每天要按醫生的建議堅持換藥。手術假性愈合，即肛瘺沒有按預想的方向恢復，傷口一部分長快了，一部分長慢了，長快的地方就把長慢的地方掩蓋住，稱為假性愈合。假性愈合下面沒有完全長好，有可能會再次發作。