卵巢巧克力囊腫相對容易治療，其治療方法包括藥物治療、手術治療，具體如下：1、藥物治療：比如在臨床上若囊腫直徑＜4公分，可考慮保守治療。如口服唯散寧(地諾孕素片)，或肌肉注射(醋酸)曲普瑞林，上述藥物可使囊腫生長速度減慢；2、手術治療：若囊腫直徑＞4公分，可考慮手術進行治療。在臨床上通過腹腔鏡或開腹手術，都能達到切除囊腫的目的。盡管巧克力囊腫相對容易治療，但巧克力囊腫復發比率較高。即使做了手術也要進行后續治療，比如再次肌肉注射醋酸曲普瑞林，使殘留盆腔、腹腔內的子宮內膜碎片萎縮，進而減少其復發的可能性。因此，后續治療也非常關鍵。