做深蹲時膝蓋疼，通常有以下幾種原因：1、膝關節內炎癥：過度屈膝，可以對滑膜造成擠壓，產生疼痛；2、關節內結構損傷：如半月板、軟骨有損傷，過度彎腿時，損傷部位靠后，便會受到擠壓產生疼痛；3、軟骨退變：部分青年人髕骨發育異常，活動不規律，易產生磨損，因出現髕骨軟化癥產生疼痛；4、中老年人關節病：骨關節產生退行性改變，以及軟骨磨損，深蹲時會對髕骨產生壓力，或者關節間隙產生過多壓力、摩擦，進而產生疼痛。