便秘服用益生菌的最佳時間，進食時同服較好，原因具體如下：1、降低胃內酸度：大部分益生菌為活菌制劑，相對于酸的耐受性有限，如果與食物同服，可以使胃內酸度下降，對益生菌起到保護作用，使酸對益生菌的殺滅或者活力的影響相對較小；2、保護菌群活性：益生菌與飲食一起服用，能較大限度保存益生菌數量及活性，有利于益生菌在腸道內定植，能較好發揮益生菌在腸道里的作用。為保持益生菌的活性、數量達到最大限度的作用，與飲食同服較合理，更加有利于充分利用益生菌的藥理作用。