生大蒜含有較多的大蒜素，以及刺激、辛辣的植物性激素。如果進食生大蒜，由于沒有破壞大蒜精油，所以對腸道的刺激較大，這時可能出現腸道痙攣性疼痛或者絞痛。主要的原因是腸道對于大蒜精油，以及大蒜的主要成分都不耐受，從而產生局部過敏。避免的方法是把大蒜適當加熟，可以用滾燙的油燙大蒜，或者經過炒、蒸、炸等，不要直接吃生大蒜。對于北方人群，因為長期吃生大蒜，已經產生耐受，所以吃大蒜也不會過于難受。但對于開始不太習慣吃生大蒜的人群，應盡量避免直接服用量大的生大蒜，盡量吃稍微煮熟過或者烹飪、加工等，使大蒜精油得到揮發的食物。所以辣椒同樣也是這種原因，當胃腸道不太耐受時，應盡量少吃或者吃熟的食物。