嚴重的碘缺乏對個體的危害，最重要的是神經系統損傷，可使后代的智力受到嚴重影響。碘是甲狀腺合成甲狀腺激素的原料，如果碘缺乏，甲狀腺合成甲狀腺激素就會減少，甲狀腺激素調節人體的新陳代謝和神經系統，特別是和大腦的發育密切相關，而且甲狀腺激素能促進骨骼成長，甲狀腺激素缺乏以后可能造成神經系統，包括骨骼發育受到嚴重的危害。嚴重的碘缺乏造成人體最大的危害，是胎兒和新生兒大腦發育的嚴重損害，可以出現智力下降，也稱呆小癥，不僅神經系統發育受影響，骨骼也可以出現明顯的發育受阻，出現明顯的矮小。在成年人，嚴重的碘缺乏也有可能造成嚴重的危害，比如出現代謝減慢、怕冷、浮腫、記憶力下降，甚至出現心臟損傷、心包積液、心功能不全，嚴重影響患者的生活質量，可以通過食鹽加碘，來有效預防嚴重的碘缺乏。