肝糖原的作用與糖代謝的調節密切相關。正常情況下，當體內存在過多的血糖或進食時，通過門靜脈系統，過多的血糖以葡萄糖的形式儲存在肝臟從而形成肝糖原，使機體內的血糖維持在正常水平。當機體需要糖的供應時，肝糖原便會重新分解成葡萄糖進入血液，以避免機體內的血糖過低。因此肝糖原在正常生理狀態下，受血糖、胰島素和胰高糖素的調控，其合成和分解肝糖原的過程達到平衡狀態。但是在異常情況下，比如糖尿病高血糖狀態下，或者血糖過低的狀態下，例如患者患有某些腫瘤性的疾病，或胰島細胞瘤等，肝糖原的合成和分解會發生異常，此時患者便可能會患有某些代謝性疾病。