食物中毒的診斷需要專門的醫療機構鑒定，會根據病史判斷，如可能與吃某種食物以后出現中毒癥狀有一定的相關性。另外，還要檢測食物中是否含有某些毒性因素，如吃沒有煮熟的扁豆出現惡心、嘔吐癥狀，會懷疑扁豆中毒。如果吃的蘑菇是毒蘑菇，會出現胃腸道癥狀，如惡心、嘔吐、腹脹、腹痛、腹瀉，嚴重時可能會出現溶血，甚至肝功能損傷、肝功能衰竭，則是蘑菇中毒。也可能是跟食物相關的因素，如被污染的食物、過期的木耳，進食后也可能會出現中毒。除了胃腸道損傷以外，也可能會出現多臟器損傷，所以具體的診斷一定跟進食的食物相關。如果檢測到食物被污染、過期，或被某些毒素、細菌污染，也可能引起一系列癥狀，甚至多臟器功能衰竭。食物中毒確診比較復雜，不是說進食后出現惡心、嘔吐癥狀，或者出現其他臟器的不適，就一定是食物中毒。需要由專門的醫療機構鑒定，鑒定程序比較復雜，需要查血、尿，或者嘔吐物中毒物的濃度、成分，才能夠確診。