不吃早飯主要危害膽囊和胃。膽囊用于儲存濃縮膽汁，進食時膽汁會從膽囊內釋放，參與蛋白質及脂肪的消化、吸收。不進食時，膽汁將在膽囊內濃縮、儲存。長時間不進食，會引起膽汁在膽囊內異常濃縮、儲存，長此以往膽囊內會形成膽固醇結晶，進而形成膽泥。由于膽泥對于膽囊為外源性刺激，刺激局部發生炎癥后，形成膽囊結石，甚至部分結石將刺激膽囊，出現膽囊息肉。則經常早上不吃飯的人體檢時常發現，膽囊炎癥、膽囊結石、膽囊息肉的發病率比正常人高許多。此外，長時間不進食會引起胃內發生炎癥，胃酸增多對胃黏膜造成損傷，導致胃糜爛，甚至潰瘍病。